La colonia fue fundada por 300 familias rusas del grupo religioso «Nuevo Israel» que buscaban una completa libertad religiosa que no encontraban en la Rusia zarista. Estas 300 familias llegaron junto a su líder Basilio Lubkov, a ocupar las tierras que ofrecía al gobierno el Ministro de Fomento y Agricultura José Espalter para que esta gente comenzara a instalarse y trabajar.
En 1926 la Colonia pasó a pertenecer al Banco Hipotecario del Uruguay y, posteriormente, al Instituto Nacional de Colonización. En 1953 se expropió la Estancia Farrapos de 17.428 hectáreas.
Hay varias versiones sobre el origen del nombre del pueblo, ya que en un comienzo se llamó Colonia Espalter, pero unas de ellas sostiene que a la colonia le llamaron «San Javier» en homenaje a un hijo fallecido de la familia Espalter a modo de agradecer la ayuda prestada a los colonos. Otra versión afirma que la zona ya era conocida como «San Xavier» por los establecimientos jesuitas de la zona (saladeros, estancias, etc.).
Durante la dictadura
Durante la dictadura sus habitantes fueron perseguidos ya que se veía en cada uno de ellos un posible comunista. De esta manera fueron dejando de hablar ruso y muchos libros fueron destruidos, el Centro Cultural Máximo Gorki donde realizaban sus encuentros culturales fue cerrado, las ropas de las danzas folclóricas quemadas. En 1984, la localidad fue el centro de atención del país por la muerte de Vladimir Roslik, un médico ruso-uruguayo que fue torturado y luego asesinado por militares uruguayos.
Renacer cultural
Con el advenimiento de la democracia, el Centro Máximo Gorki ha vuelto a ser un centro vital de encuentro con la cultura de sus ancestros. Son muy importantes y famosas las celebraciones de la fundación, cada año llegan a participan varios centenares de las diferentes colectividades rusas en Uruguay. La fecha se recuerda con un almuerzo de comidas típicas y los habitantes de San Javier muestran el orgullo de haber mantenido muchas de sus tradiciones incluyendo la comida, las danzas, el bordado y la música. A través de los años los matrimonios rusos han sido eventos memorables con tres días de fiesta que incluyen bailes, cantos y comidas tradicionales.
También el ruso, está cobrando vida gracias al gran éxito de un plan piloto, patrocinado por el gobierno local, el centro Máximo Gorki y la Embajada de Rusia han conseguido traer profesores rusos para instaurar el idioma.
